So với phiên bản DSLR-A900, SLT-A99 mang vóc dáng nhỏ gọn cùng kiểu dáng quen thuộc của dòng sản phẩm semi-pro DSLR-A77. Do nhắm đến phân khúc tầm trung, SLT-A99 có thiết kế nhỏ gọn hơn so với các sản phẩm DSLR cùng phân khúc, chính vì thế trọng lượng của máy được giảm xuống chỉ còn 733 g.
SLT-A99 được trang bị bộ cảm biến CMOS Exmor kích thước full-frame 24 x 36 mm với độ phân giải 24.3 MP, tạo ra những bức ảnh có độ phân giải 6000 x 4000 pixel. Bộ xử lý hình ảnh SLT-A99 đủ khả năng để xử lý những hình ảnh RAW có chất lượng 14-bit. Người sử dụng có thể chụp liên tục ở tốc độ 6 hình / giây với tính năng AF liên tục. Cũng giống như một vài mẫu máy ảnh full-frame, SLT-A99 không hỗ trợ flash pop-up. Một điểm đáng chú ý trong dòng sản phẩm này đó chính là việc Sony đã trang bị chân kết nối đèn flash tiêu chuẩn ISO518:2006. Đây là chuẩn kết nối đã có trên sản phẩm của Sony trước năm 2005 như DSC-R1, DSC-V3, DSC-F828, đồng thời cũng là chuẩn hiện đang được hầu hết các hãng máy ảnh sử dụng. Sony cũng đồng thời giới thiệu đèn flash HVL-F60M lần đầu tiên sử dụng cổng kết nối mới. Đối với các đèn flash theo chuẩn của Minolta, Sony cho người dùng tuỳ chọn một adapter chuyển đổi sang chân đèn flash mới và ngược lại.
Điểm nhấn trong SLT-A99 phải kể đến hệ thống lấy nét kép (Dual AF). Hệ thống lấy nét này bao gồm hai lớp với 19 điểm lấy nét theo pha (phase detection), bao gồm 11 điểm trợ nét cross-type. Lớp thứ hai bao gồm 102 điểm mở rộng trên khung lấy nét quanh 19 điểm đã đề cập. Nhờ vậy người dùng có thể dễ dàng tiếp cận với mọi chi tiết vùng nét trên một vật thể phức tạp. Ngoài ra, SLT-A99 còn có thêm chế độ lấy nét liên tục AF-D giúp nâng cao khả năng bắt theo chuyển động thông qua hệ thống dual AF. Chính vì mức độ phức tạp của hệ thống này, Sony cho biết mới chỉ có một vài ống kính có motor lấy nét SSM hỗ trợ như Carl Zeiss 24-70mm f/2.8 ZA SSM, Sony G 70-200mm f/2.8 SSM. Trong tương lai, sản phẩm có thể được cập nhập firmware để hỗ trợ thêm nhiều ống kính.
Với cấu trúc máy ảnh translucent mirror, Sony SLT-A99 sử dụng kính ngắm điện tử EVF công nghệ OLED có độ phân giải 2,4 triệu điểm ảnh. Khác với lại kính ngắm quang học, kính ngắm này luôn mang đến độ phủ hình ảnh 100% cho dù người dùng gắn những ống kính dành cho hệ máy APS-C. Ảnh chụp cũng được hiển thị qua màn hình LCD 3 inch hỗ trợ hai khớp xoay khá độc đáo hiện có trên sản phẩm SLT-A77. Trong model SLT-A99, Sony cũng đem đến một giao diện sử dụng mới cho người dùng với nhiều các thông số được hiển thị trên màn hình LCD công nghệ WhiteMagic. Bên cạnh đó, một màn hình phụ ở phía bên phải chân đèn flash sẽ giúp bạn nắm bắt những thông số chụp cần thiết.
Alpha SLT-A99 mang đến nhiều hỗ trợ dành cho các nhà làm phim chuyên nghiệp. Sản phẩm hỗ trợ chuẩn video AVCHD 2.0 với chất lượng 1920 x 1080 pixel 60p/i (NTSC) 50p/i (PAL), 24 fps hoặc chuẩn Cinema 24p. Sản phẩm cao cấp này hỗ trợ hai khe cắm thẻ nhớ có thể dùng một trong hai chuẩn SDXC/SDHC hoặc MemoryStick Pro-HG Duo. Đặc biệt, SLT-A99 còn cho người dùng tuỳ chọn kết nối âm thanh chuyên nghiệp XLR cho các thiết bị thu âm cao cấp. Thân máy được thiết kế bằng hợp kim ma-giê chắc chắn, hỗ trợ sử dụng trong nhiều điều kiện khắc nghiệt như băng tuyết, mưa gió.